Fátima, com o avançar do século XX, atraía cada vez mais as multidões. As Religiosas do Sagrado Coração de Maria, possuindo já diversas presenças em Portugal desde 1871, pretenderam construir em Fátima uma casa com o fim de alojar as religiosas e as antigas alunas que viessem em peregrinação. Assim surgiu o projeto deste edifício, cuja primeira pedra foi benzida a 1 de junho de 1948.

Situada a curta distância do Santuário, a pedido de S. Ex.a Rev.ma o Senhor Bispo de Leiria, funcionou, desde o início, como Colégio. A 29 de abril de 1951 teve lugar a inauguração oficial, com a presença de S. Ex.a Rev.ma o Senhor Bispo de Leiria D. José Alves Correia da Silva, Rev. Clero do Santuário e Missionários da Consolata, Rev. P. Moreira Neto S. J., e numerosa representação de Superioras e Religiosas das Comunidades, dos Colégios e Lares que o Instituto possuía em Portugal. De 12 para 13 de outubro desse mesmo ano, foram cerca de 200 os peregrinos que aqui se alojaram.

A 22 de outubro de 1951, com a presença de 13 alunas internas (número simbólico nesta terra de bênçãos) e um grupo de alunas externas, iniciou-se o primeiro ano letivo com Instrução Primária e Primeiro Ciclo Liceal.

O Colégio foi progredindo e, em 1960, foi-lhe concedida licença para lecionar o Segundo Ciclo Liceal. Entretanto, e apesar das instalações serem reduzidas, durante mais de duas décadas, coexistiram para a Comunidade, lado a lado, os dois objetivos: o ensino e o alojamento nas grandes peregrinações. Suprimida a Instrução Primária por haver na Cova da Iria outras Congregações a ela dedicadas, os últimos exames de Admissão ao Liceu efetuaram-se no ano letivo de 1963/1964. Em virtude do número crescente de alunas, tornou-se necessário aumentar as instalações; no verão de 1963 começou o desaterro destinado à nova construção, que veio a terminar em dezembro de 1965.

Na década de 70 funcionaram também, no Colégio, cursos noturnos abrangendo o Ciclo Preparatório e o Liceal, cursos estes que chegaram a ultrapassar os 350 alunos. Em 1973 passou ao regime de coeducação e, em 1975, por não haver escolas públicas em Fátima, o ensino começou a ser subsidiado pelo Estado. Em 1981, foi construído o pavilhão para recreio dos alunos, atualmente utilizado para Educação Física. Ao mesmo tempo terminou o internato e as respetivas instalações foram sendo transformadas sucessivamente em novas salas de aula.

Em 2001 deu-se início às obras de ampliação do Colégio, com a construção de um auditório, 5 salas de aula, um laboratório de Química e uma sala de Educação Visual. Em 2002 construiu-se o parque de estacionamento e no ano seguinte concluíram-se as obras de ampliação do Colégio.

Entre o ano de 2003 e 2009 efetuaram-se obras de melhoramento, com a construção de um bar, uma papelaria/reprografia, uma enfermaria, um elevador, balneários, remodelação da receção e secretaria, instalação de aquecimento central e colocação de projetores em todas as salas de aula.

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